동북아의 교류 협력을 추진을 위해 자치단체가 중심이 되는 국제조직의 필요성이 제기됨에 따라 1993년 시마네현에서 연합의 前身인 동북아자치단체연합 회의가 개최됨. 여기에 한중일러 4개국 10개단체가 참가.
1998년 도야마현에서 열린 제2차 총회에서는 헌장을 개정하여 몽골의 가입승인 및 경제통상, 문화, 환경, 방재, 일반교류 분과위원회 설치에 합의하고 1999년 제2차 실무위원회에서는 각 분과위원회의 첫 활동 보고가 이루어졌으며 연합 경비부담 문제 등이 논의됨 )
2000년 효고현에서 열린 제3차 총회에서는 북한 지방정부의 연합 참여를 위한 공동노력에 합의하고 2001년 제3차 실무위원회에서는 회의개최경비 일부 분담제, 후원명의 사용 승인에 관한 요강 제정, 상설사무국 설치 등이 논의됨
환경협력 등 환경관련 개별 사업을 원활히 추진하기 위해 설치된 환경분과위원회에 도야마현이 코디네이터를 맡아 각 지역의 동해 연안 해변의 매립·표착물 조사, 동북아 철새 공동조사, 환경백서 2003 발간, 동북아 국제 환경 심포지움 등을 개최
교육문화교류 분과위원회의 코디네이터를 맡고 있는 시마네현은 동북아 지역 청소년들이 교류프로그램을 통해 각 지역에 대한 상호 이해와 우호교류를 증진시키기 위한 ‘동북아 교류의 날개 in 시마네’를 매년 개최
방재분과위원회는 방재분야의 교류를 통해 동북아지역 전체의 방재 대처 능력을 향상시키기 위해 설립. 코디네이터를 맡고 있는 효고현을 중심으로 국가 및 지역에 따라 지진, 수해, 산불, 가뭄 등 발생하는 재해의 다양성과 각 지역별 대응능력의 차이를 고려하여 정보 및 인재방면의 교류사업 실시